DNA en de werkelijkheid

DNA en de werkelijkheid

Deel 2 van de voordracht in Arnhem op 20 november 2018.

…
Daar begint dus de duizeligheid. Omdat je daar te maken krijgt met gegevens die zo duizelingwekkend groot zijn dat je je kunt voorstellen, dat daarvoor toch eerst de computertechnologie ontwikkeld moest zijn om dan ook met de DNA-informatie verder te kunnen komen en dat zie je dan ook, het gaat een beetje gelijk op. Waar in het begin nog heel moeizaam, stukje voor stukje het DNA werd ontdekt — en je probeert dan te begrijpen, hoe ze dat dan gedaan hebben, want nogmaals, je kunt het DNA niet zien, je kunt alleen door chemische reacties aannemelijk maken dat het er is — hoe hebben ze dat gedaan? Dan blijkt dat telkens een stuk DNA eerst wordt gedenatureerd, dat betekent uit zijn natuurlijke vorm gehaald, en dan wordt de helix in tweeën gesplitst, zodat je dus eenzame basen hebt, ze zijn niet meer gepaard. Daar zit een chemisch verlangen in naar het vinden van de daarbij behorende base. Wanneer je dan een ander stuk daartegenover kunt stellen en je weet welk stuk dat is, hoe dat in elkaar zit en tot een bepaald punt loopt de reactie, dan weet je tot daar, waar de reactie liep, kwam het overeen met wat ik had, met het proefmonster dat ik had. Maar dan heb je nog maar een stukje. Dat moet je vervolgens met alles zo doen. Zo ging het heel langzaam, het mislukte natuurlijk vaak en met een stukje gaat het niet, je moet een duizelingwekkend aantal van die stukjes hebben — van dezelfde stukjes, dus die moeten eerst gekloond worden. Zo is dan inmiddels een techniek ontwikkeld, die ik niet kan herhalen want het blijft een ongrijpbaar proces. Er zijn talloze filmpjes op YouTube waarin men zegt deze techniek te laten zien. Maar wat je dan ziet, is alleen de centrifuge, de ampullen en de kolfjes met vloeistoffen enzovoort, en hoe je dan de volgorde die je dan als laborant of zoiets dergelijks moet volgen, welke stappen je achtereenvolgens moet verrichten. Maar wat er achter die stappen zit, kun je uiteraard niet zien en het wordt ook niet verteld. En wanneer je dan in het wetenschappelijke zoekt dus in de tekst zal ik maar zeggen, dan wordt daar zoveel gebruik gemaakt van afkortingen, dat je de tekst helemaal niet begrijpt als je niet gaat zoeken naar de betekenis van de afkortingen. Dat zou je kunnen besluiten te doen. Maar dat maakt dat je dus niet echt doorzicht krijgt in wat daar nu precies bij die sequencing gedaan wordt.

Er is inmiddels een ‘next generation sequencing’, dat is niet meer die methode van Sanger. Dat is een veel uitvoeriger methode waarbij gebruik wordt gemaakt van het klonen, waar gebruikt wordt gemaakt van DNA-bibliotheken, waarin vastgelegd is een bepaalde DNA-volgorde, dus dat wordt opgeslagen. Daar kun je dan je samples vandaan halen, je proefmonsters en dat wordt dan gebruikt om nieuw materiaal vast te stellen, en wel hoe de volgorde is.

There are a number of different NGS platforms using different sequencing technologies, a detailed discussion of which is beyond the scope of this article. However, all NGS platforms perform sequencing of millions of small fragments of DNA in parallel. Bioinformatics analyses are used to piece together these fragments by mapping the individual reads to the human reference genome. Each of the three billion bases in the human genome is sequenced multiple times, providing high depth to deliver accurate data and an insight into unexpected DNA variation. NGS can be used to sequence entire genomes or constrained to specific areas of interest, including all 22 000 coding genes (a whole exome) or small numbers of individual genes. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3841808/).

Het lijkt allemaal heel betrouwbaar en dat zal het ook wel zijn, daar wil ik geen uitspraak over doen, maar wat je wel merkt, wanneer je het bestudeert, is, dat er een soort masker voor blijft zitten en dat je eigenlijk wordt geconfronteerd met vanzelfsprekendheden, waarbij je, als je het echt zou willen doordenken, dus vastloopt, omdat je niet meer verder kan. Dus je zou het tot het eind willen doordenken, maar dat gaat niet, want er komt een masker en daar kijk je dan tegen aan. En dan kun je zeggen: doe het nou af, maar ik vind nergens een plek waar het af is. Het wordt gebracht als een absolute zekerheid en als je het een beetje begint te begrijpen, dan zie je dat er ook heel veel waarschijnlijkheidsberekening bij komt.

Dat herhaal ik dan nog maar een keer, dat is niet op dezelfde manier doorzichtig zoals je met het blote oog de zichtbare natuur of de anatomie bestudeert. Doe je dat zo, zoals het zich in het lichaam aan je voordoet, dan zie je dat je met een probleem te maken hebt. Namelijk, wanneer je een gestorven lichaam op een anatomie snijzaal ziet, dan weet je en zie je duidelijk dat het lichaam gestorven is, dus je weet, dat je niet helemaal precies vat erop krijgt hoe dat tijdens het leven er uitziet, en hoe dat tijdens een operatie uitziet. Dan weet je dat je in het levende lichaam iets natuurlijk niet zo kunt doorsnijden, zoals in het dode. Je moet je grenzen heel goed kennen. Het is dus duidelijk: de bekende anatomie komt voort uit onderzoek van het dode lichaam, het levende lichaam is qua vorm wel hetzelfde, maar qua functie natuurlijk helemaal niet. Een dergelijk duidelijk onderscheid zou je ook zo graag beleven met betrekking tot het DNA-onderzoek.

Ik heb eens over een soortgelijk onderwerp lezingen gegeven, dat was de kernenergie. Daar wordt eigenlijk ook de kern van het atoom afgeschilderd alsof die met het blote oog te zien is en je hoort nergens, dat het een eigenlijk een werkmodel is. Totdat er op een gegeven moment in een schoolboek voor middelbare scholieren de schrijver dat eenvoudigweg zegt: We hebben het nog nooit gezien, het is een werkmodel.

Dat mag je hierbij ook rustig aannemen. Het doet mij denken aan de vergelijking in de oude Griekse filosofie, waar Plato de definitie van de mens geeft: Hij heeft twee benen en geen veren. De volgende dag kwam een student met een geplukte kip en zei: Dit is dus de mens! Zo'n soort zekerheid is het dus: je hebt een aantal dingen die duidelijk zijn, maar daar zit een hele wereld omheen, die je niet ziet, waar je geen idee van hebt. Je kunt niet zeggen dat het niet waar is. Natuurlijk is het wel waar: de mens gaat op twee benen en heeft geen veren. Maar er is nog wel meer over de mens te zeggen en dan zul je altijd nog weer ervaren dat het te smal is, zo’n definitie.

De implicaties die daarmee samenhangen en de totaliteit van het beeld dat we krijgen, dat lijkt mij meer een model dan met de werkelijkheid overeenstemmen de waarheid. En eigenlijk kom je dan dus in een situatie die Kant als filosoof in zijn ‘Kritik der reinen Vernunft’, op wijst, namelijk dat je met iets geconfronteerd wordt wat er is, maar waarvan je de werkzaamheid of de betekenis of de essentie of de samenhang van dat iets met andere dingen eigenlijk alleen maar door voorstellingen kunt vormen. Want je kan niet tot de werkelijkheid komen. Daar moeten we wel rekening mee houden, dat we met zoiets te maken hebben. Men kan niet altijd zeggen: het wordt door de wetenschap bevestigd, het onderzoek heeft uitgewezen… Dat is een toverformule. Als je dat hoort, dan moet je dat geloven, want onderzoek heeft uitgewezen dat… Ik zou willen voorstellen om dat heel smal te zien en de werkelijkheid, waarin dat hele smalle zich bevindt, te vermoeden als iets veel en veel groters en grootsers ook.

Wordt vervolgd.