Het heldere denken van de jonge Rudolf Steiner neemt de relevante gedachten uit het totaal van de gedachten over de atomistische begrippen en vindt (in 1882) dat het atoom gezien wordt als het enige principe van de werkelijkheid. Het ligt ten grondslag aan alle materiële en zintuiglijke kwaliteiten maar heeft die zelf niet. Het is niet ruimtelijk en is niet gedefinieerd, het is alleen maar 'iets' en dit iets is de grondslag en essentie van al het zijn. Zodra men het een kenmerk zou willen verlenen zou het deze grondslag niet meer kunnen zijn, omdat het dan deel zou uitmaken van wat het zelf moet bepalen. Het moet dus het kenmerkloze iets zijn. Toch kan het ook niet een begrip zijn, want het moet in de werkelijkheid bestaan. Het atoom moet iets speciaals zijn, maar dan in een algemene zin.
Rudolf Steiner erkent de mogelijkheid dat het als een handig denkmodel kan worden gebruikt. Maar het wordt zo niet gezien, maar het wordt gezien als het enige werkelijke in de wereld, omdat het nu eenmaal het aan alles ten grondslag liggende element moet zijn. Het kan niet slechts een gedachte zijn die vakkundig wordt gebruikt, het is de werkelijkheid op zich.
Dan gaat Rudolf Steiner als volgt verder:
'Wie van onschadelijkheid van de atomistische opvattingen wil spreken, hem zou men rustig de gevolgen die eruit zijn getrokken voor kunnen houden om hem te weerleggen. Er zijn in principe twee noodzakelijke consequenties: ten eerste, dat het predicaat van het oorspronkelijke bestaan aan voorts geheel onbepaalde, tegenover elkaar eenvoudigweg onverschillige geestloze afzonderlijke substanties verkwist wordt, in wier wisselwerking slechts mechanische noodzakelijkheid heerst, zodat de gehele overige verschijningswereld als lege damp ervan bestaat en zijn bestaan aan louter toeval dankt; ten tweede komen daaruit onoverbrugbare grenzen van ons kennen voort. Zoals we hebben laten zien is het begrip van het atoom iets geheel leegs, het alleen maar 'iets'. Maar omdat de atomisten niet tevreden kunnen zijn met deze inhoud, maar een daadwerkelijk gehalte verlangen, dit echter zodanig bepalen, als het nergens kan worden gegeven, moeten zij de onkenbaarheid van het eigenlijke wezen van het atoom proclameren.
Wat betreft de andere grens aan het weten is het volgende op te merken. Wanneer men het denken ook als een functie van de wisselwerking van onverschillig ten opzichte van elkaar blijvende atoomcomplexen beschouwt, dan is het niet verwonderlijk, dat de samenhang tussen beweging van de atomen enerzijds, denken en gewaarwording anderzijds niet te begrijpen is, wat het atomisme derhalve als een grens van onze kennis beschouwt. Alleen te begrijpen is iets daar waar een begripsmatige overgang bestaat. Wanneer men tevoren de begrippen zo begrenst, dat in de sfeer van het een zich niets laat vinden wat de overgang in de sfeer van het andere mogelijk zou maken, dan is het begrijpen van te voren al uitgesloten. Bovendien zou deze overgang niet alleen speculatief van aard moeten zijn, maar het zou een echt proces moeten zijn en dus moeten kunnen worden aangetoond. Dit wordt echter weer voorkomen door de niet-zintuiglijkheid van de atomaire beweging. Met het verlaten van het atoombegrip vallen deze speculaties over de grenzen van ons weten vanzelf weg. We moeten voor niets meer oppassen dan voor zulke grensbepalingen, want aan de andere kant van de grens is er dan plaats voor van alles. Het meest irrationele spiritisme, evenals het meest onzinnige dogma, kan zich achter dergelijke aannames verstoppen. Die zijn in het afzonderlijke geval gemakkelijk te weerleggen door te laten zien dat steeds de fout ten grondslag ligt dat een simpele abstractie voor meer wordt aangezien dan ze is, of een simpel relatief begrip voor absoluut wordt gehouden en meer van zulke vergissingen. Een groot aantal verkeerde opvattingen zijn in omloop gebracht, vooral door de onjuiste begrippen ruimte en tijd.'
Het ware gezicht van het atoomHet ware gezicht van het atoom door Mieke Mosmuller